I 1988 besluttede Syddanmark og delstatsregeringen i Kiel at udarbejde en fælles ansøgning til EF-kommissionen med henblik på økonomisk støtte fra Bruxelles til en række fælles projekter. Her fungerede interessen for at opnå støtte fra EF som katalysator for et udvidet samarbejde. Det førte til dannelsen af en fælles styringskomité bestående af i alt 15 repræsentanter fra Slesvig-Holsten, Sønderjylland, Vesttyskland, Danmark og Europakommissionen. Senere blev den til styrekomiteen for Interreg-programmerne. Samarbejdet er siden blevet udbygget og omfatter en lang række projekter af grænseoverskridende karakter. Det gælder f.eks. inden for arbejdsmarkedet, erhvervslivet eller på uddannelsesområdet, hvor det nuværende Syddansk Universitet i Sønderborg og Flensborgs Universitet er gået sammen om fælles uddannelser. På det kulturelle område findes der tillige samarbejdsnetværk på tværs af grænsen - f.eks. på museumsområdet. Som følge af en konference i 1992 blev samarbejdet på tværs af grænsen tilmed udvidet med en grænseoverskridende kommunal arbejdsgruppe.