Det var dog især helt pragmatiske forhold, der førte til et egentligt konstruktivt samarbejde. Især problemerne omkring forureningen af vandet i Flensborg Fjord førte tilbage i 1950erne til et samarbejde omkring kontrol med badevandets kvalitet. Den stigende forurening ikke mindst fra Flensborg førte i 1972 til en direkte kontakt mellem Sønderjyllands Amt (1970 - 2007) herefter Region Syddanmark og Flensborg. Kontakten blev etableret gennem det danske mindretals rådmand i Flensborg. I april 1972 blev Fælleskomiteen for Flensborg Fjord nedsat med repræsentanter fra amt, kommuner og kredse på begge sider af grænsen langs med fjorden. Den blev i september 1975 afløst af Flensborg Fjord Kommissionen. Den havde kompetence til at afgive forslag til hhv. de relevante danske og vesttyske myndigheder, som så traf afgørelserne.