Da Tyskland besatte Danmark i årene 1940-45, blev bruddet mellem de to kulturer absolut. Ved befrielsen i 1945 blev brudlinjerne tegnet skarpt op i Sønderjylland. Store dele af det tyske mindretal blev straffet under retsopgøret og indespærret på Sønderborg Slot og især i Faarhuslejren. Tusinder af tyske flygtninge østfra kom til hele regionen. I Danmark blev de anbragt i flygtningelejre, i Sydslesvig blev de tyske østflygtninge indkvarteret hos den stedlige befolkning. Det afstedkom spændinger og bidrog i Sydslesvig til, at store dele af den hjemmehørende befolkning begyndte at identificere sig med regionen Sydslesvig frem for med den tyske nation. Det nød det danske mindretal godt af. Det gennemgik en eksplosiv vækst i årene efter 1945. Titusinder af hjemmehørende, som hidtil havde været tysksindede, tilsluttede sig den danske bevægelse, der i en kort overgangsperiode lokalt kom til at udgøre flertallet. Det medførte stærke modreaktioner på tysk side, også efter at mindretallet igen var blevet et absolut mindretal omkring 1949.